El sistema funciona como un estuario donde los cauces de ambos ríos depositan al desembocar gran cantidad de sedimentos cargados de nutrientes. Éstos son la principal base alimenticia de las aves que pueblan este espacio natural. A su vez, este aporte continuo de sedimentos y la fuerza de las mareas generan islas separadas por extensos brazos de agua como la Isla de Enmedio, la de Saltés y la de Bacuta localizadas al Sur del enclave. Este medio salino determina el predominio de especies vegetales resistentes a las altas concentraciones de sal, conocidas como plantas halófilas. Un ejemplo de ellas es la salicornia o la espartina, auténtica estructuradora de la ecología y el paisaje de amplias áreas de marismas.
Parte de su riqueza ecológica estriba en la variedad de paisajes que conforman este enclave. Desde marismas mareales, a lagunas como la del Batán y la del Taraje, pasando por la playa del Espigón o los bosques de El Almendral, El Acebuchal y La Cascajera. Al visitante le llama la atención su gran horizontalidad que le permite disfrutar del olor del salitre, de la brisa marina y de la espectacular llegada de centenares de aves que encuentran en esta marisma un lugar idóneo donde nutrirse y en muchos casos un entorno seguro donde poder nidificar.
Uno de sus principales enclaves es la Isla de Enmedio, declarada Reserva Natural por albergar una de las mayores colonias de cría europea de espátulas, una especie en peligro de extinción. Esta especie construye sus nidos con barro y elementos vegetales diversos hasta formar pequeñas plataformas que sitúan en estos entornos marismeños al amparo de almajos y espartinas. Al eclosionar los huevos, los pollos son alimentados por la pareja reproductora, indistintamente el padre o la madre. Además, un paseo por este Paraje Natural permitirá observar somormujos, cormoranes, flamencos, diversas especies de gaviotas y aves limícolas como archibebes, zarapitos y cigüeñuelas. Éste puede ser un lugar ideal para dar un agradable paseo en barco y disfrutar de cerca de todos estos valores.
La producción de sal es uno de los aprovechamientos de los recursos naturales más interesantes de la zona. Las salinas de Bacuta son un ejemplo de usos tradicionales, mientras que las Aragonesas presentan un corte industrial. Además, la recolección de piñones, la apicultura, la ganadería, la pesca y el marisqueo forman parte de las actividades que el hombre ha realizado tradicionalmente en este Paraje Natural.
Debido a la riqueza mineral, salina y pesquera de la zona junto a su estratégica situación geográfica, estas tierras fueron colonizadas por diversas culturas. Se cree que la antigua ciudad de Tartessos se asentó por estos parajes. De los romanos quedan restos de piletas de salazones de pescado y, de los musulmanes, el yacimiento arqueológico de Salthish, en la isla de Saltés; se trata de una importante ciudad que fue capital del reino taifa de los Baikríes en los siglos X y XI. Por último, para disfrutar de unas las magníficas vistas de la ría, se puede dar un paseo por el antiguo Muelle de la compañía de Riotinto, que se construyó para embarcar los minerales que llegaban en el ferrocarril.
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